Puerto Morelos es el principal y más antiguo puerto del estado de Quintana Roo.

Estuvo habitado por los antiguos mayas desde el siglo IX hasta el XIV después de Cristo, hecho comprobado por los vestigios arqueológicos que se encuentran en el jardín botánico “Alfredo Barrera Marín”. Aunque este es el único con acceso al público, también existen otros jardines similares detrás de Villas Morelos II, y Punta Estrella, por mencionar algunos.

Se dice que el gran señor Kukulkan (quien llevaba el mismo nombre del dios del viento) fundó la Liga del Mayapán, confederación que dura de los años 987 a 1185 d. C. Las poblaciones mayas asentadas en el estado de Quintana Roo participaron en esta confederación. A partir de entonces tuvo lugar una serie de luchas internas y en 1461 se establecen 16 cacicazgos en la Península de Yucatán, de los cuales podemos nombrar: Cochuah, Uaymil-Chactemal (Chetumal), Chikinchel, Tases, Cupul y Ekab (en la región norte de Quintana Roo).

El área geográfica donde actualmente se encuentra el poblado de Puerto Morelos, presenta vestigios de asentamientos de la cultura maya pertenecientes al Cacicazgo de Ekab, cuya influencia política abarcó desde Cabo Catoche hasta Tulum.En 1893, México firma con Gran Bretaña el tratado definitivo de límites Belice-Quintana Roo(Tratado Mariscal Spencer), de esta forma Quintana Roo surgió como una región estratégica para Porfirio Díaz.


La imprecisa fijación de la frontera, motivó al presidente Porfirio Díaz enviar al comandante Othón P. Blanco a esa zona, con los propósitos de hacer respetar la línea divisoria,impedir el tráfico de armas, reforzar los campaña militar del Gral. Ignacio Bravo contra los indios mayas sublevados y buscar la pacificación de la zona. Paralelamente lograr un establecimiento permanente de población mexicana (que había huido a Belice por la Guerra de Castas) en el territorio de Quintana Roo.


Puerto Morelos en 1929 era un pueblo con casas de madera, un faro, un muelle, una sola calle paralela a la costa y un almacén. En septiembre de 1967 el poderoso huracán Behula inclinó el único faro del puerto, que ya había resistido dos huracanes en 1955. Posteriormente, en 1988 el huracán Gilberto entro al caribe y en 2005, Wilma arrasó al pequeño pueblo, sin embargo,ninguno pudo tirar este faro, ahora icono de Puerto Morelos, cabe destacar que este no fue el primer faro de Puerto Morelos, pues antes se levantó un faro manual cuyas bases se encuentran a escasos 30 centímetros del actual.

Durante la década de los sesentas, se extrajeron maderas duras como chechén para venderse al gobierno federal y destinarse a la construcción y mantenimiento de vías férreas. La producción chiclera vio una disminución drástica a principios de los años ‘80 gracias a la introducción de sustitutos sintéticos en el mercado mundial, y a factores naturales inesperados, como incendios forestales y huracanes. Fue así como Puerto Morelos se convirtió (hasta el año 2002) en el mayor centro de abastecimiento y acopio de la Isla de Cozumel.

En la actualidad existen en la costa de Puerto Morelos todo tipo de restaurantes, tiendas de artesanías, promoción y desarrollo de actividades turísticas, fomento a la cultura tradicional mexicana, producción y cuidados de áreas naturales, etc. Desde el puerto se puede acceder a la segunda barrera de arrecifes más grande del mundo, zonas arqueológicas mayas, la ruta de los cenotes, un campo de polo, varias granjas agricultoras y un sinfín de actividades recreativas culturales.

El 6 de enero del 2016, tomó posesión el consejo municipal, concretándose un viejo anhelo de los puerto-morelenses de convertirse en municipio libre, el décimo primer municipio de Q. Roo.